Детская школа ФК БАТЭ была открыта в апреле 2002 года (до 2008-го носила название БАТЭ-РМ). Ее директором является Дмитрий Анатольевич Дергай, а среди нынешних тренеров двое - Виталий Шимко и Александр Баранов - защищали цвета нашего клуба. Школа воспитала немало талантливых футболистов, в числе которых игроки национальной, олимпийской и молодежной сборных Беларуси Александр Гутор, Егор Филипенко, Юрий Остроух, Юрий Рыжко, Михаил Сиваков, Павел Нехайчик, Олег Патоцкий, Максим Володько, Евгений Яблонский, Денис Щербицкий, Андрей Кудравец.
На данный момент в школе работает 14 тренеров, под чьим началом в двенадцати возрастных группах занимается свыше 300 воспитанников, включая команды девочек. ФК БАТЭ заключен договор с борисовской ДЮСШ-2 о комплектовании ее лучшими воспитанниками команд групп подготовки нашего клуба.
Адрес футбольной школы ФК БАТЭ: Минск, ул. Автомобилистов, 2б.
Футбольная школа ФК БАТЭ пока не имеет собственной базы и арендует тренировочные поля минских стадионов СОК "Олимпийский" и БГПУ им М.Танка.